Биологические микроскопы - это микроскопы проходящего света плоского поля, оптическая схема которых обеспечивает воспроизведение объекта в двумерном пространстве (двумерное изображение) и стереоскопические микроскопы для объемного или трехмерного изображение объекта, в которых возможно наблюдение объемного изображения за счет особых способов освещения (эффекты косого освещения, фазового контраста, дифференциально-интерференционного контраста). Предназначены для наблюдения прозрачных, тонких и непрозрачных объектов.
Цифровые микроскопы - это микроскопы, которые точно передают форму, границу, цвета и могут быть подключены к компьютеру для захвата и обработки изображения. Предназначены для наблюдения мелких объектов и выполнения разнообразных тонких работ: препарирования, изучения горных пород, выполнения различных технологических операций и для лабораторных исследований в различных областях медицины, биологии, химии и т.п.
Портативные микроскопы - цифровые микроскопы компактных размеров с небольшим увеличением, оборудованы встроенной цифровой камерой, для вывода изображения требуется подключение к компьютеру.